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공익법인 등의 세무확인 규정
제1조(목적) 이 규정은 상속세 및 증여세법시행령 제43조 제8항의 규정에 의하여 공익법인 등에 대한 외부전문가의 세무확인 절차·방법 및 보고 등에 관하여 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다.
제2조(용어의 정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.
1. “공익법인 등”이라 함은 종교ㆍ자선ㆍ학술 기타 공익을 목적으로 하는 사업으로서 상속세 및 증여세법시행령(이하 “영”이라 한다) 제12조 각호의 1에 규정하는 사업을 영위하는 자를 말한다.
2. “외부전문가”라 함은 상속세 및 증여세법(이하 “법”이라 한다) 제50조의 규정에 의한 변호사ㆍ공인회계사ㆍ세무사를 말한다.
3. “세무확인”이라 함은 공익법인 등이 2명 이상의 외부전문가로부터 법 제50조 및 이 규정에 의하여 출연재산의 공익사업 사용여부 등에 대하여 세무확인을 받는 것을 말한다.
4. “장부”라 함은 출연받은 재산의 보유ㆍ운용상태와 수익사업의 수입·지출내용을 빠짐없이 기록한 복식부기 형식의 장부를 말한다.
5. “대차대조표상 총자산가액”이라 함은 당해 공익목적사업과 수익용 또는 수익사업용 등으로 운용되는 모든 자산의 가액을 말한다.
제3조(세무확인 대상) 공익법인 등은 법 제50조의 규정에 의한 세무확인을 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 세무확인을 받지 아니할 수 있다.
1. 세무확인을 받아야 하는 최종 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액이 10억원 미만인 공익법인 등
2. 영 제43조제2항제2호의 규정에 의한 불특정 다수인으로부터 재산을 출연받은 공익법인 등
3. 국가 또는 지방자치단체가 재산을 출연하여 설립한 공익법인등 으로서 감사원법 또는 관련법령의 규정에 의하여 감사원의 회계검사를 받은 공익법인 등(회계검사를 받은 연도분에 한한다)
제4조(세무확인사항) 영 제43조 제5항의 규정에 의한 외부전문가의 세무확인사항은 다음 각 호와 같다.
1. 출연재산 및 그 운용에 관한 사항
가. 출연재산의 3년내 공익목적사업 등에 사용 여부 및 사용내역의 적정 여부
나. 내국법인 주식을 출연받거나 취득하는 경우 주식보유기준 초과 여부
다. 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 출연재산의 운용소득 중 기준금액이상을 직접 공익목적사업에 사용 하였는지 여부
라. 출연재산을 매각하고 그 매각대금 중 각 연도별사용의무 기준금액 이상을 직접공익목적사업에 사용 하였는지 여부
마. 공익사업 수혜자의 적정 여부
바. 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등의 가액이 총재산가액의 일정비율 초과 여부
2. 자기내부거래에 관한 사항
가. 출연재산 등을 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자에게 사용수익하게 하였는지 여부
나. 이사장 및 이사 등에게 지급된 금액의 사용처 및 사용내역의 적정 여부
다. 특수관계에 있는 내국법인을 위한 광고등 행위를 위하여 지출한 금액이 있는지 여부
라. 출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인 등의 이사현원의 1/5을 초과하여 취임하거나, 임직원이 되는 경우 그 이사 및 임직원에 대한 경비 지출 여부
3. 기타 공익법인 등의 운영에 관한 사항
가. 장부의 작성ㆍ비치의무 준수 여부
나. 법 제48조 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출 여부
다. 기타 공익법인 등의 운영 등과 관련하여 공익목적에 부합되지 않는 사업 또는 행위에 대한 조치사항
제5조(세무확인기간) 공익법인 등은 과세기간별로 또는 사업연도별로 세무확인을 받아야 한다.
제6조(세무확인서 작성 및 보고) ①외부전문가는 제4조에서 규정한 세무확인사항을 확인하여 공익법인등이 작성한 상속세 및 증여세법 시행규칙 제25조 제1항 각 호 서식의 적정여부를 검증하고, 별지 제1호 내지 제7호 서식에 의하여 세무확인서 등을 작성하여야 한다.
②제1항의 세무확인서 등은 공익법인 등이 비치하고 있는 장부, 결산보고서 및 그 부속서류, 기타 증빙서류 등에 의하여 정확하게 작성하여야 하며, 장부 등이 사실과 다른 경우에는 외부전문가가 확인한 사실에 따라 이를 작성하여야 한다.
③법 제50조 제2항의 규정에 의한 세무확인 결과의 보고는 제1항에 의하여 외부전문가가 작성한 세무확인서 등에 결산보고서 등 증빙서류를 첨부하여 과세기간 또는 사업연도의 종료일로부터 3월 이내에 납세지관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
제7조(외부전문가의 선임제한) 공익법인 등은 외부전문가를 선임함에 있어 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 선임하여서는 아니된다.
1. 당해 공익법인 등의 출연자(재산출연일 현재 당해 공익법인 등의 총출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자를 제외한다)ㆍ설립자(이하 “출연자 등”이라 한다) 또는 임직원(퇴직후 5년이 경과하지 아니한 자를 포함한다)
2. 출연자 등과 영 제13조 제9항 제1호의 관계에 있는 자. 다만, 출연자 등이 출가녀인 경우에는 남편과의 관계에 의한다.
3. 출연자 등과 영 제13조 제9항 제2호의 관계에 있는 자. 이 경우 “상속인”은 “출연자 등”으로 본다.
4. 출연자 등 또는 이들이 경영하는 회사(당해 회사가 법인인 경우에는 출연자 등이 영 제19조 제2항에서 규정하는 “최대주주 또는 최대출자자”인 경우를 말한다)와 소송대리, 회계감사, 세무대리, 고문 등의 거래가 있는 자
5. 공익법인 등과 업무와 관련된 채권ㆍ채무 이외의 채권·채무 관계에있는 자
6.기타 당해 공익법인 등과 뚜렷한 이해관계가 있어서 그 직무를 공정하게 수행하는 데 지장이 있다고 인정되는 자
7. 외부전문가가 소속된 법인이 제1호 및 제5호 내지 제6호에 해당하는 자
제8조(외부전문가의 의무 등) ①외부전문가는 법 제50조의 규정에 의하여 세무확인을 함에 있어 외부전문가의 직무를 규율하는 법령에 규정된 바에 따라 직무상 의무를 성실히 수행하여야 한다.
②세무서장은 외부전문가가 제1항 및 제6조 제2항의 의무를 위반한 때에는 관련규정 등이 정하는 바에 따라 징계 등 처벌을 요청하여야 한다.
③관련 규정에 따라 처벌을 받은 외부전문가는 처벌을 받은 날로부터 3년간 공익법인 등의 세무확인 업무를 수행할 수 없다.
제9조(재검토기한) 「훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정」(대통령훈령 제248호)에 따라 이 고시를 발령한 후의 법령이나 현실 여건의 변화 등을 검토하여 이 고시의 폐지, 개정 등의 조치를 하여야 하는 기한은 2012년 9월 30일까지로 한다.
부 칙
제1조(시행일) 이 고시는 2009년 10월 1일부터 시행한다. | 
